機關內設機構：
辦公室
規劃計劃處
政策法規處（水政監察總隊）
財務處（審計處）
人事處（離退休職工管理處）
水資源管理處
水資源節約與保護處
建設與運行管理處
河湖管理處
水土保持處（農村水利水電處）
監督處
水旱災害防御處
國際合作與科技處
直屬機關黨委、太湖工會（中國農林水利工會太湖委員會）（與直屬機關黨委合署辦公）
紀檢組
事業單位：
1.太湖流域管理局水文局（信息中心）（副局級）
2.太湖流域管理局水利發展研究中心（正處級）
3.太湖流域管理局綜合事業發展中心（正處級）
4.太湖流域管理局蘇州管理局（正處級）
5.太湖流域管理局蘇州培訓中心（正處級）
6.太湖流域管理局太湖流域水土保持監測中心站（正處級）