機關內設機構:
辦公室
規劃計劃處
政策法規處(水政監察總隊)
財務處(審計處)
人事處(離退休職工管理處)
水資源管理處
水資源節約與保護處
建設與運行管理處
河湖管理處
水土保持處(農村水利水電處)
監督處
水旱災害防御處
國際合作與科技處
直屬機關黨委、太湖工會(中國農林水利工會太湖委員會)(與直屬機關黨委合署辦公)
紀檢組
事業單位:
1.太湖流域管理局水文局(信息中心)(副局級)
2.太湖流域管理局水利發展研究中心(正處級)
3.太湖流域管理局綜合事業發展中心(正處級)
4.太湖流域管理局蘇州管理局(正處級)
5.太湖流域管理局蘇州培訓中心(正處級)
6.太湖流域管理局太湖流域水土保持監測中心站(正處級)